Die Kooperationsprojekte sind von den Rektorinnen bzw. Rektoren unter Anschluss der verbindlichen Zusicherung der Kostenbeteiligung der Kooperationspartner/innen auf elektronischem Weg über die Plattform http://unicontrolling.bmwfw.gv.at bis 30. September 2016 im Bundesministerium für Wissenschaft, Forschung und Wirtschaft einzubringen.
Nach Prüfung auf Einhaltung der Formalkriterien werden die Anträge zusammen mit den eingeholten externen Expertisen an die Auswahlkommission weitergeleitet. Diese wird im November 2016 einen Vergabevorschlag erstatten. In der Folge trifft der Bundesminister für Wissenschaft, Forschung und Wirtschaft die endgültige Vergabeentscheidung.
Die Entscheidung wird den Universitäten ehestmöglich schriftlich bekanntgegeben.
Der Projektfortschritt ist im Wege eines von den Universitäten jeweils zum 31. Mai eines Jahres zu legenden Zwischenberichts zu dokumentieren, ein entsprechendes Berichtsformular wird termingerecht elektronisch bereitgestellt.
Die Auszahlung der bewilligten Mittel ist in jährlichen Teilbeträgen geplant und hängt vom Projektfortschritt ab. Die Auszahlung von Teilbeträgen während der Laufzeit des Projektes bedeutet nicht die Anerkennung der Kosten. Im Fall der (teilweisen) Nichtumsetzung bzw. Nichtdurchführbarkeit wird eine entsprechende Kürzung der Projektmittel vorbehalten.
Nach Projektende ist ein Abschlussbericht unter Berücksichtigung der Kriterien „im Rahmen der Kooperation angestrebte und tatsächlich erreichte Ziele“, „Grad der Zielerreichung“, „terminliche und finanzielle Umsetzung des Vorhabens“ und „Perspektiven für die zukünftige Entwicklung“ zu legen. Anhand dieser Kriterien wird das Bundesministerium für Wissenschaft, Forschung und Wirtschaft nach Abschluss der Projekte eine Evaluation des Programmes veranlassen. Über die Ergebnisse werden die Universitäten informiert, wobei in diesem Zusammenhang auch besonders erfolgreiche Projekte beispielhaft vorgestellt werden sollen.